Растение применяется в народной и официальной медицине. Обладает иммуностимулирующим действием, обезболивающим и потогонным, мочегонным, депуративным, регулирующим обменные процессы эффектами, в результате чего широко применяется как самостоятельно употребляемое лечебное средство или в сочетании с другими растениями.
Настой травы чабреца обыкновенного успокаивающе действует на функции центральной нервной системы, активизирует выделение желудочного сока, работу поджелудочной железы, стимулирует аппетит, действует сахароснижающе.